Специалист перешёл в тренерский штаб молодёжной команды красно-чёрных под руководством Назима Сулейманова. С сентября 2022 года Агаев занимал аналогичную должность тренера в «Химках U19».

В качестве футболиста Эмин Рафаэлович выступал за наш клуб в период с 2002 по 2004 год. С 2016 по 2018 годы работал в основной команде в должности помощника тренера.